El yacimiento arqueológico ofrece una secuencia cronológica que abarca desde el Neolítico hasta épocas casi contemporáneas. Un descubrimiento destacado es el fondo de una cabaña de unos 5.000 años de antigüedad, correspondiente al Neolítico, que se encontró junto a un empedrado que hace unos 500 años servía como espacio de cocina y vida cotidiana. Junto a esta estructura neolítica, en un salto temporal considerable, se hallaron nueve fosas de enterramiento del siglo XI en la capilla central. Este espacio, abierto en esa época, fue utilizado como espacio de enterramiento (maqbara) por la población musulmana que habitaba Novelda. A continuación, en la secuencia cronológica, se han documentado restos de una vivienda de la época bajomedieval, concretamente entre los siglos XIV y XV. Esta estructura es de carácter doméstico, con una entrada pavimentada en ladrillo y varias estancias asociadas, entre ellas un basurero, los cuales ofrecen valiosa información arqueológica, pues los restos cotidianos arrojados en ellos permiten reconstruir cómo era la vida en ese momento, pero de los cuales no se conserva su totalidad debido a las construcciones posteriores. Finalmente el elemento visible más destacado se trata de la Cripta, la cual cuenta con un pasillo central que se accede por unos peldaños, originalmente cubiertos por una trampilla al ras del suelo, y está compuesta por una cámara central y otra lateral. A finales del siglo XIX, la cripta sufrió una reforma significativa que la partió en dos y transformó su interior. Los restos óseos de los Hermanos de la Confraternidad de Cristo fueron trasladados a la cámara lateral, y los antiguos nichos se destruyeron.